È stato Manuel Gonzalez a mettere la sua firma sulla pole position a Portimao. Già nelle ultimo turno di prove, il pilota del team Gresini aveva fatto segnare il record della pista e in qualifica lo ha abbassato di altri 2 decimi. Il tempo di 1’41”514 è valso allo spagnolo il primo posto sullo schieramento ed è la prima volta per lui.
Le qualifiche del GP del Portogallo sono state sotto il segno della Spagna, con 4 piloti iberici davanti a tutti. Fermin Aldeguer ha messo la sua Boscoscuro al 2° posto, staccato di appena 0”134 da Gonzalez. A chiudere la prima fila c’è invece Aron Canet, che ha preceduto Alonso Lopez. Quinto tempo per Joel Roberts, poi Albert Arenas davanti a Ai Ogura, Sergio Garcia, Somkiat Chantra (che arrivava dalle Q1) e Jeremy Alcoba, che chiude la Top 10.
C’erano grandi attese per gli italiani dopo le buone prestazioni in prova, ma in qualifica non hanno brillato. Il migliore è stato Tony Arbolino, che però non è andato oltre al 12° tempo (lo stesso al millesimo di Ramireze, che lo precede) e quindi partirà dal fondo della quarta fila. In quinta, invece, ci saranno Vietti e Foggia. Celestino ha fatto segnare il 14° tempo, 15° Dennis.